COVID-19: 感染者数と死亡者数のズレを集計 ver. 1

I.何をする?

 

感染者数と死亡者数が何日ずれているかを計算ます。感染者数の増減と死亡者の増減がずれるのは当然です。

感染者が同じ割合、同じ日数で死亡するとすると、感染者の増減と死亡者の増減のずれから、亡くなる場合の感染から死亡するまでの平均日数を集計でいます。

 

 

ただし、実際にはこのように単純ではありません。

死亡までどれほどの日数が感染してほぼ2週間後に発症すると言われています。ですから、感染者数は少なくとも2週間前の数字ですが、発症してすぐに感染とわかるわけでもありません。感染日は確定できない場合が多いでしょう。無症状者の場合は、いつ感染したかはほとんどわからないでしょう。

また、死亡日もずれています。例えば日本の場合、読売新聞の報道によると平均して10日前の数字だといわれています。

感染者数、死者数のカウントの仕方も国によって様々です。その上、日本のように検査数が極端に少ない国のデータの信頼性は低いでしょう。

このような事情を考えるなら、単純に感染者数と死者数を比較しても意味がないと考えるのももっともですが、逆に、各国でどのような異同があるかを明らかにすることで、何か特徴をみつけだすことができるかもしれません。

スクリプトは。次の解説を参考にしました。

 

Covid19: Correlation Between Confirmed Cases and Deaths

 

Covid-19: Correlation Between Confirmed Cases And Deaths

 

II.lag( )ファンクションの説明

 

次に解説されています。

 

Compute lagged or leading values

 

This will be explained late.

 

III.イタリアのデータを取得

 

まず、上のリンクにしたがって、イタリアのデータを取得します。

 

1.イタリアの2020-02-15以降の感染者数、死者数、回復者数のデータを取得

 

スクリプトは次です。

 

# https://github.com/RamiKrispin/coronavirus
# install.packages("coronavirus")
devtools::install_github("RamiKrispin/coronavirus")
library(coronavirus)
# checks if there is data update on the Github version
# coronavirus::update_dataset(silence = TRUE)
# import libraries
library(tidyverse)
library(lubridate)
# load the data
data("coronavirus")
# italy
df_italy <- coronavirus %>%
filter(country=='Italy', date>='2020-02-15') %>%
select(date, country, type, cases) %>%
group_by(date, country, type) %>%
pivot_wider(names_from =type, values_from=cases) %>%
ungroup()
df_italy
 

 

取り出されたデータは次です。

 

# A tibble: 168 x 5
   date       country confirmed death recovered
   <date>     <chr>       <int> <int>     <int>
 1 2020-02-15 Italy           0     0         0
 2 2020-02-16 Italy           0     0         0
 3 2020-02-17 Italy           0     0         0
 4 2020-02-18 Italy           0     0         0
 5 2020-02-19 Italy           0     0         0
 6 2020-02-20 Italy           0     0         0
 7 2020-02-21 Italy          17     1         0
 8 2020-02-22 Italy          42     1         1
 9 2020-02-23 Italy          93     1         1
10 2020-02-24 Italy          74     4        -1
# … with 158 more rows

 

About shibatau

I was born and grown up in Kyoto. I studied western philosophy at the University and specialized in analytic philosophy, especially Ludwig Wittgenstein at the postgraduate school. I'm interested in new technology, especially machine learning and have been learning R language for two years and began to learn Python last summer. Listening toParamore, Sia, Amazarashi and MIyuki Nakajima. Favorite movies I've recently seen: "FREEHELD". Favorite actors and actresses: Anthony Hopkins, Denzel Washington, Ellen Page, Meryl Streep, Mia Wasikowska and Robert DeNiro. Favorite books: Fyodor Mikhailovich Dostoyevsky, "The Karamazov Brothers", Shinran, "Lamentations of Divergences". Favorite phrase: Salvation by Faith. Twitter: @shibatau

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