COVIT-19: 新型コロナウイルスを解析する_中国編 1/2, python ver. 5(updated on 3/05)

I.何をする?

 

次にPythonを使ったデータの分析があります。これをもとに中国のコロナウィルスの死者数の推移からどのようなことが言えるかを考えます。

 

Behind the Coronavirus Mortality Rate

 

Understanding the Coronavirus Epidemic Data

 

II.データはどこ?

 

上の文書に次がリンクされています。

 

1.https://ncov.dxy.cn/ncovh5/view/pneumonia

 

スマートフォンの病気関係アプリケーションで広く利用されているもののようです。英語版はないようです。

 

2.nCov2019_analysis

 

統計処理しやすく整理されたデータです。

 

3.coronavirus_demo_colab.ipynb

 

上のデータをGoogle Colaboratoryで実行しています。この通りに実行してみましたが、ローカルでダウンロードして処理するよりずっと速いです。

 

4.Johns Hopkins CSSE

 

患者数を赤い円で表示した世界地図とグラフ、各種数値がわかりやすく配置されています。対数のグラフもあります。

 

 

III.WHOの死亡率の推移をグラフに

 

The World Health Organizationの致死率をグラフにしました。

ライブラリutilsを5分ほどかかってローカルにインストールしましたが、エラーが出て使用できませんでした。そこで、Google Colaboratoryを使用しました。IIの3のリンク先にスクリプトが示されています。ダウンロードよりずっと速いです

下のグラフは、最新のデータ(Data date range: 2020-01-24 to 2020-02-23)によるものです。

ここ一週間、死亡率が上がっていることがわかりますが、これをどのように評価するかは、地域別データの分析が不可欠ですし、他の感染症との比較も必要でしょう。また、データの質も考慮する必要があります。

 

 

IV.中国の地域別の死亡率の推移をグラフに

 

1.地域別の死亡率の推移(積算)

 

 

2.地域別の死亡率の推移

 

2月23日

武漢市(人口1,089.29 万人(Wikipedia))が特に高いことがわかります。湖北省をのぞいた致死率推移は青のラインで示されています。1%以下で推移しており、2月23日時点で累積感染者数12852 人、死亡者97人で、致死率は0.75%です。しかし、全体として致死率が高くなる傾向にあります。

 

 

2月26日

ここ数日伸びが緩やかになってきました湖北省をのぞいた地域の死亡率推移は青のラインで示されています。1%以下で推移しており、2月23日時点で累積感染者数12149人、死亡者85人で、致死率は0.7%です。

累積であるにもかかわらず、感染者数も死亡者数も前日より減っています。感染者ではなかったのか、地域の割り当てが間違っていたのか、単純な誤りか、事情はわかりません。

 

3月1日

湖北省をのぞい死亡率が上がっているために全体の数値もあがっています。しかし、数値を調べたところ、2月29日の感染者数(cum_confirmed)が12658人であるのに対して、3月1日の感染者数は2805人となっています。積算にもかかわらず、極端に減っているので、間違いではないかと推測しますが、確認できていません。また、死亡者数がとくにに増えているわけではありません。

湖北省をのぞいた死亡率の推移のデータは次です。

 

  cum_confirmed	cum_cured	cum_dead	new_confirmed	new_cured	new_dead	mortality_rate
update_date							
2020-01-24	332	4	2	0.0	0.0	0.0	0.006024
2020-01-25	595	6	2	174.0	2.0	0.0	0.003361
2020-01-26	964	6	3	298.0	0.0	1.0	0.003112
2020-01-27	1424	11	3	348.0	2.0	0.0	0.002107
2020-01-28	1912	20	4	444.0	9.0	1.0	0.002092
2020-01-29	2522	32	7	593.0	11.0	2.0	0.002776
2020-01-30	3216	36	8	690.0	5.0	2.0	0.002488
2020-01-31	4114	69	8	741.0	30.0	0.0	0.001945
2020-02-01	4732	100	9	729.0	28.0	1.0	0.001902
2020-02-02	5385	168	10	648.0	60.0	-1.0	0.001857
2020-02-03	6156	219	11	761.0	61.0	1.0	0.001787
2020-02-04	6970	318	11	836.0	94.0	0.0	0.001578
2020-02-05	7679	480	13	741.0	152.0	2.0	0.001693
2020-02-06	8428	673	14	700.0	192.0	1.0	0.001661
2020-02-07	9094	879	18	683.0	217.0	4.0	0.001979
2020-02-08	9652	1171	24	563.0	261.0	7.0	0.002487
2020-02-09	10113	1436	32	464.0	309.0	8.0	0.003164
2020-02-10	10546	1701	37	428.0	258.0	6.0	0.003508
2020-02-11	10883	1992	42	377.0	287.0	5.0	0.003859
2020-02-12	11328	2420	47	384.0	424.0	4.0	0.004149
2020-02-13	11620	2753	58	299.0	329.0	10.0	0.004991
2020-02-14	11771	3112	61	259.0	422.0	6.0	0.005182
2020-02-15	12090	3686	66	211.0	519.0	3.0	0.005459
2020-02-16	12170	4023	69	161.0	423.0	3.0	0.005670
2020-02-17	12353	4597	76	113.0	496.0	6.0	0.006152
2020-02-18	12449	5081	81	77.0	471.0	5.0	0.006507
2020-02-19	12503	5596	85	54.0	537.0	4.0	0.006798
2020-02-20	12528	6168	90	43.0	604.0	5.0	0.007184
2020-02-21	13006	6819	92	226.0	634.0	4.0	0.007074
2020-02-22	12656	7270	93	30.0	562.0	3.0	0.007348
2020-02-23	12852	7840	97	15.0	442.0	2.0	0.007547
2020-02-24	12698	8129	96	11.0	414.0	1.0	0.007560
2020-02-25	12613	8516	96	11.0	425.0	2.0	0.007611
2020-02-26	12712	8975	98	3.0	406.0	0.0	0.007709
2020-02-27	12791	9425	101	24.0	433.0	3.0	0.007896
2020-02-28	12552	9609	103	9.0	371.0	3.0	0.008206
2020-02-29	12658	10064	104	4.0	379.0	2.0	0.008216
2020-03-01	2805	2024	39	1.0	69.0	0.0	0.013904

 

上記のことから、湖北省と武漢市のデータをみるべきだと思います。湖北省と武漢市の死亡率は微増で安定してきています。

 

 

3月6日

ウィルスにL型とS型があるとする研究が発表されましたのでリンクしておきます。

 

The coronavirus could be mutating as scientists claim to have identified a more aggressive strain:Chinese researchers say they have found a second strain of COVID-19

 

引き続き武漢で新しい患者がいることが示されています。上記の型と関係があるのでしょうか?

 

感染者の基準を変更しているとの報道がありました。実際、感染者数も死亡者数も積算にもかかわらず、検証している場合がありますが、特定の日だけではなく変更されています。

湖北省を除く中国の死亡率は次です。

 

0.00826

 

武漢を除く湖北省の死亡率は次です。

 

0.03354

 

武漢の死亡率は次です。

 

0.04640

 

 

スクリプト

 

Google Coloaboratoryで公開しています。

 

https://colab.research.google.com/drive/1-3A4h6ENQjXWoEIdNkusDS17ecTfbWfg

to be continued

About shibatau

I was born and grown up in Kyoto. I studied western philosophy at the University and specialized in analytic philosophy, especially Ludwig Wittgenstein at the postgraduate school. I'm interested in new technology, especially machine learning and have been learning R language for two years and began to learn Python last summer. Listening toParamore, Sia, Amazarashi and MIyuki Nakajima. Favorite movies I've recently seen: "FREEHELD". Favorite actors and actresses: Anthony Hopkins, Denzel Washington, Ellen Page, Meryl Streep, Mia Wasikowska and Robert DeNiro. Favorite books: Fyodor Mikhailovich Dostoyevsky, "The Karamazov Brothers", Shinran, "Lamentations of Divergences". Favorite phrase: Salvation by Faith. Twitter: @shibatau

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